首款低成本高性能的猪SNP液相芯片开发成功

中国科学报
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开发低成本、高性能的猪SNP芯片对我国猪分子育种和遗传分析具有重要意义。1sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

近日,中国农业大学动物科学技术学院教授丁向东团队开发了首款猪50K液相芯片——GBTS50K,包含52000个SNP位点,其SNP检出率和个体检出率为0.997~0.998。相关研究论文在《农业科学学报(英文)》 (Journal of Integrative Agriculture,JIA)  2025年5期正式发表。1sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

靶向捕获测序(GBTS)基因分型技术同时具备固相芯片技术(高稳定性和可靠性)和测序技术(高灵活性和低成本)的优点。然而, GBTS技术尚未应用于猪SNP芯片上。该研究基于GBTS技术,开发了首款猪50K液相芯片——GBTS50K,包含52000个SNP位点。1sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

研究团队选取来自10个种猪场的6032头大白、长白和杜洛克猪,对GBTS50K的性能进行评估。结果表明,GBTS50K获得了较好的基因分型性能,其SNP检出率和个体检出率为0.997~0.998,重复样本的基因分型一致性和相关系数分别为0.997和0.993。1sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

GBTS50K在遗传分析和分子育种上表现优异。例如,对于达100公斤体重日龄和100公斤活体背膘厚两个重要经济性状,使用GBTS50K的基因组选择准确性高于目前使用广泛的GGP-Porcine固相芯片。并且,由于GBTS技术能够检测到多聚SNP位点,GBTS50K在不增加基因分型成本的情况下能够获得更多高质量SNP位点(~100K)。利用这些SNP位点进行单倍型基因组选择,生长和繁殖性状基因组选择的准确性可以进一步提高2-6%。1sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

该研究表明,GBTS50K可以成为猪遗传分析和分子育种的有力工具,同时,也能够给其它畜禽液相芯片开发提供借鉴。1sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

丁向东为该文章的通讯作者,中国农业大学硕士研究生张梓鹏为第一作者。该研究得到了山东省重点研发、国家现代农业产业技术体系和国家重点研发计划的资助。1sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

相关论文信息:https://doi.org/10.1016/j.jia.2023.07.0331sn知多少教育网-记录每日最新科研教育资讯

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